超声波细胞破碎仪是基于超声波在液体中的空化作用，换能器将电能量通过变幅杆在工具头部液体中产生高强度剪切力，形成高频的交变水压强，使空腔膨胀、爆炸将细胞击碎。另一方面由于超声波在液体中传播时产生剧烈地扰动作用，使颗粒产生很大的加速度，从而互相碰撞或与器壁互相碰撞而击碎。
超声波是物质介质中的一种弹性机械波，它是一种波动形式，因此它可以用于探测人体的生理及病理信息，即诊断超声。同时，它又是一种能量形式，当达到一定剂量的超声在生物体内传播时，通过他们之间的相互作用，能引起生物体的功能和结构发生变化，即超声生物效应。
超声对细胞的作用主要有热效应，空化效应和机械效应。热效应是当超声在介质中传播时，摩擦力阻碍了由超声引起的分子震动，使部分能量转化为局部高热，从而杀伤癌细胞而正常组织不受影响。
运行时需要注意：
1、切记空载(一定要将超声变幅杆插入样品后才能开机,)
２、变幅杆探头要居中，不要贴壁。超声波是垂直纵波，插入太深不容易形成对流，影响破碎效率。
３、超声参数设置：设置键好仪器工作参数(具体设置见说明书)，对于对温度要求比较敏感的样品一般外面采用冰浴，实际温度肯定是低于25度，蛋白核酸是不会变的。
1)时间：超声时间每次不要超过5秒，间隙时间应大于或等于超声时间，以便于热量散发。时间设定应以超声时间短，超声次数多原则，可延长超声机子以及探头的寿命。
2)超声功率：不宜太大，以免样品飞溅或起泡沫，如小于10ml样品容量，功率应在200w以内,选用2mm超声探头，另将面板后面的变幅杆选择开关打到相应挡；10-200ml样品容量的功率在200－400w，选用6mm超声探头，另将面板后面的变幅杆打到相应挡；200ml以上的样品容量功率在300-600w之间，选用10mm超声探头，另将面板后面的变幅杆打到相应挡；(2MM的小探头功率严禁超过350W)
3)容器选择：有多少的样品就选多大的烧杯，这样也是有利样品在超声中对流，提高破碎效率。例如；20ML的处理量用20ML的烧杯。如100ml大肠杆菌样品设置参数：超声5秒／间隙5秒次数70次(总时间为10分钟)。功率300W(仅供参考)
4、若样品放在1.5ml的EP管里请一定要将EP管固定好，以防冰浴融化后液面下降导致空载
5、日常保养：超声波细胞破碎仪用完后用酒精擦洗探头或用清水进行超声！
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