使用细胞破碎仪在破碎样品时一般要选择低温多次破碎的，比如冰水浴，2S破碎~2s暂停，其这么做的目的是为防止超声破碎过程中产生的高温而引起的酶活性，使蛋白结构等发生改变。
细胞破碎仪的原理：主要利用超声波的原理使细胞破碎，由于超声波发生时会出现空化作用，将使液体形成局部减压而引起液体内部发生流动，旋涡形成与消失时，会产生很大的压力使得细胞破碎。
注意：在使用时不要盲目操作，所有操作要在自己能够把握的前提下进行，不明白的地方可以咨询服务人员或查看说明书。
为了避免在溶液中产生泡沫，要将超声探头完全置于液面以下，并不接触的前提下尽可能靠近容器底部。为防止处理液温度的升高，建议在冰上进行，在选择试管时使用塑料试管，避免使用玻璃试管。在使用过过程中若出现多聚物降解2和蛋白失活，则说明超声波过强，需要减小频率，若出现超声沉淀的情况，则说明功率太大，需要调整功率大小。
细胞破碎仪利用其超声作用进行样品破碎的话，一般是破5秒等3秒，超声3分钟即可，想要使效果更好，可重复多次进行，切勿一次性超声时间过长，导致样品活性受到影响。
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