超声波细胞破碎仪的使用方式是将要破碎的材料放到烧杯中，讲破碎仪的探头放到材料中，开电源设定时间，一个是震动的时间，一个是间歇的时间。注意在破碎的过程中会产生大量的产热，一般都是冰浴下破碎。这种情况下探头不发声。
通过水介质的空化作用，使细胞等结构并不是十分紧密的物料发生破碎、分离。效果好，效率高。属于多功能、多用途仪器，能用于多种动植物病毒、细胞细菌及组织的破碎，同时可用来乳化分离、均匀提取、消泡清晰、纳米材料的制备、粉碎及加速化学反应等。
使用超声波细胞破碎仪的注意事项：使用时要注意探头末端离液面10—15mm， 盛样品的容器为玻璃容器，不可为其它容器；超声波细胞破碎仪探头不能碰到容器壁和底；样品须为水相而非有机相；使用超声波细胞破碎仪微探头时，振幅调节不得超过70%，否则会造成探头损坏。
超声波细胞破碎仪的优势：可储存5个控制模式，具备2种选择，工作时间由数字定时器控制，达到预定时间自动转变为待机状态，另外，手持式的可人为自由控制工作和截止时间，使用灵活方便，适用于少量样品的处理工作。
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